莲师心咒共有十二个咒字：嗡啊吽班杂咕噜贝玛悉地吽（藏传密宗弟子每天最低限度要念108遍，念满108万遍才有资格向上师申请修正行法门）
莲花生大士开示说：“莲师心咒不仅是代表莲花生大士的心咒，还包含了显教经律论三藏及密续的四部，事部、行部、瑜珈部、无上瑜珈部等九乘法门的精髓心要、过去现在未来三世诸佛菩萨的所有心咒佛号、上师本尊空行三根本的心咒以及八万四千法门的种子字”。嗡啊吽：象征一切诸佛的身、口、意。嗡：象征诸佛的身。啊：象征诸佛的语。吽：象征诸佛的意。班杂咕噜贝玛悉地吽：象征五方佛皆包含在其中，没有任何一佛是不包含在五部当中的。金刚部：东方 金刚萨埵等。宝生部：南方 宝生佛。莲花部：西方 阿弥陀佛。事业部：北方 不空成就佛。如来部：中央 毗卢遮那佛。班杂：象征东方部金刚萨埵等诸佛之金刚种性，是金刚萨埵的心咒。噜：象征宝生部诸佛种性，是南方宝生佛的心咒。贝玛：象征莲花部诸佛之种性，是西方阿弥陀佛的心咒。悉地：象征事业部诸佛种性，是北方不空成就佛的心咒。吽：象征如来部诸佛种性，是中央毗卢遮那佛心咒。
嗡：象征五部佛等的种子字、报身佛的心咒。啊：象征普贤王如来等、法身佛的心咒。吽：象征如释迦摩尼佛、莲花生大士等之所有化身佛的心咒。班杂：象征八大嘿噜嘎等所有本尊的心咒。大嘿嚕嘎： 1.身：忿怒文殊(大威德金刚) 2.口：马头明王 3.意：央达嘿噜嘎(真实意嘿噜嘎) 4.功德：甘露漩嘿噜嘎 5.事业：普巴金刚 6.召遣非人(玛莫嘿噜嘎)。7.猛咒诅詈(非常忿怒施咒本尊) 8.供赞世神(半忿怒本尊)。咕噜：象征所有上师、菩萨、持明者之心咒。贝玛：象征所有位于三处(法、报、化身)之空行母心咒。悉地：象征财神，如臧巴拉、五大财神、二十一财神等之心咒。吽：象征护法的心咒，所有四密续中所有护法之种子字、心咒皆包含在其中。
三界轮回中一切的众生，没有一个众生不受三毒（贪瞋痴）的束缚。因为有烦恼的缘故，所以三界轮回中的众生没有一个得到究竟的安乐。所有的众生自己都想尽了各种世间的方法，来去除这种种的痛苦。也有各种的宗教，努力地想尽了各种办法要去除痛苦。虽然我们想尽了种种的方法要消除痛苦，但是我们所想的方法却只能克服现前、当下的痛苦，没有办法将痛苦的根源拔除。所以佛陀诞生在娑婆世界后，了悟到众生有八万四千种的烦恼，为了把这八万四千种的烦恼断除，所以宣说了八万四千的法门。如果我们一个人要学完这八万四千法门并且修持是不太可能的，所以后续佛陀的随行弟子，如莲花生大士等大成就者，吸取了佛法的精髓，针对断除烦恼的方法，也宣说了很多善妙的法。断除所有烦恼法门的精髓，就是莲师所宣说的莲师心咒，包含着八万四千法门、显密所有经论。
持诵莲师心咒如何清净我们的业障？当我们念到「嗡啊吽班杂咕噜贝玛悉地吽」时：嗡啊吽：能断除三毒，所谓三毒就是贪瞋痴，而所有八万四千种的烦恼，其根源就是三毒。嗡：清净贪之毒。啊：清净瞋之毒。吽：清净痴之毒。班杂咕噜贝玛悉地吽：能清净五毒。班杂：能清净人与人互相之间的恶意、瞋恨；。咕噜：能清净众生的傲慢。贝玛：能清净众生的贪欲，包含色声香味触种种的贪欲，甚至对法产生贪欲的心都能清净。悉地：能够清净众生的嫉妒心，虽然五毒（贪瞋痴慢疑）都是需要被清净的，但是去除嫉妒心非常的重要。众生的嫉妒有很多种。因为嫉妒心所造的恶业，会往生到非天，会承受争执、战祸等；吽：能清净无明、贪瞋痴之业障，众生会造许多恶业，主要都是因为无明所导致，因为无明我们不知道取舍，不知道分辨善恶，因而造很多的业，所以清净、断除无明是很重要的。
我们刚刚谈到当我们念到莲师心咒中之“嗡”“啊”“吽”分别能清净贪瞋痴三毒，而当清净三毒之后，自然就会升起法报化三身的智慧：嗡：能获得法身智慧。啊：能获得报身智慧。吽：能获得化身智慧。班杂：能获得妙圆镜智，所谓妙圆镜智是以镜子形容佛的智慧，他的自性和本质都是一样的，佛如何遍知外界一切法的智慧，我们分为五智；所谓妙圆镜智，意义指佛遍知世间一切法，从色蕴、受蕴、想蕴、行蕴、识蕴等五蕴的本质其实相是空性的，完全如实的遍知了悟其实相的本质以后，如同镜子当中，外界所有一切均无余地显现在镜子中，佛能够遍知所有法的法性，从这个角度我们称之为妙圆镜智。。咕噜：能获得平等性智，所谓平等性智是指从色法一直到佛的遍知，所有的法的实相、自性都是空，无有善恶、无有好坏、无有有或没有、非有或非非有等，离开一切边际的平等，所以叫平等性智。。贝玛：能获得妙观察智，所谓妙观察智，指在入定当中一切法都是空性，但是在出定中，轮涅所有的法，是如何体现其本质，佛皆能遍知、皆不会混乱的，而能够知道一切法的实相。。悉地：能获得成所作智，佛成佛获得五种智慧以后，救渡众生，宣扬佛法时，能够一一地分辨出众生是什么样的根器，知道要对他宣说适合的法，这样的智慧称为成所作智。吽：将获法界体性智，法界当中一切的法本来的实性是如何，没有将他造作改变，了解其本性如何并如实地了悟的智慧。
当我们念到嗡啊吽三字时，能够降服、对治天、鬼、人对我们所造成的障碍及伤害。嗡：降服天界所造成之障碍、伤害。啊：能对治、降服鬼怪对我们造成之障碍及伤害。吽：对治、降服人为的障碍及伤害。班杂：能对治食香(天龙八部中之“干闼婆”。是帝释天主乐神，在须弥山南，金刚窟住。天主欲作乐时，即上天也。)、火神所造成之障碍及伤害。食香是六道轮回中恶鬼道的众生的一种，这种众生因为业力的缘故，是不用吃东西，只闻食物的味道的，食香在三界中是属于欲界的众生，他们也有属于食香的世间与地方，人类有时会幻觉看到一些城堡、城市，我们称他为食香城。因为这些幻觉所见城市，是食香所居住的地方。火神是安住于火当中的神、鬼，有时也会在炉灶上，我们称之为灶神，总之是依止在有火的地方，我们通常认为火神所带来的障碍，是烧毁屋舍、庄稼等火灾；食香和火神也会对众生造成伤害，所以念到“班杂”这两个咒字时，是能够消除这些障碍的。咕噜：能够对治、消除阎罗王及其眷属使者、罗剎的伤害及障碍。罗剎是一种喜食血肉的鬼怪。由莲师的传记中我们知道，莲师最后是前往罗剎国，因为当时罗剎为了食用众生的血肉，伤害了很多众生。所以莲师前往罗剎国降服罗剎，并在罗剎国宣说佛法，使罗剎国转变成净土。贝玛：对治、避免、消除水神、风神所带来的灾难。水神会带来水灾，或者是水中有龙王，我们激怒他们的话，会对世间带来瘟疫、疾病、水灾，就像这次南亚发生地震后发生海啸死了非常多人，就是水神发怒造成灾难。我们每年都会遇到台风、飓风、龙卷风，就是风神所带来的灾难。当众生造业激怒了水神、风神，就会带来这些灾难，而我们念到“贝玛”两字咒时，就可以对治、避免这样的灾害。悉地：可以对治避免夜叉、具大权威鬼神所带来的灾害、障碍，夜叉部包含多闻天王等，他们也可以给众生带来财富受用等，也会带来灾害灾难；夜叉部也可以说是财神的一种，有时候众生会有财富、受用损失的状况，受到贫穷之苦，这就是激怒了夜叉部、财神等所带来的灾害。吽：可消除对治星曜、地祗所带来的灾害。喇呼拉、偏如天就是星曜的一种，传说中日蚀、月蚀也就是日、月被星曜吃掉，还有一些疾病称为“曜毒”会有类似中邪的征状产生，这些都是星曜发怒后为人类所带来的灾害。地祗就是地神，地祗有很多种，共有八大地祗，有「地神」、「地神大腹」等等，而中国人的土地公应该也是地祗的一种，激怒地祗带来的灾害会导致房屋倒塌，所以中国人很注重看风水、看地方，也就是这样的用意。
另外，持诵嗡啊吽：可以成就圆满六波罗密多，即檀那（布施）、尸罗（持戒）、羼提（忍辱）、毗离耶（精进）、禅那（禅定）、般若（智慧）。班杂：能够获得所有“息”业的成就，当世间有疾病、战争、争执产生的时候，可以把它们息灭、消除。咕噜：成就所有“增”业，增长世间财富、受用、寿命等所有增业。贝玛：能够成就“怀”业，怀业就是能自然地将三界、人天、世间等众生摄受之能力。悉地：能够成就所有的事业，亦即成就身、口、意、事业、功德中的事业。吽：能够获得愤怒的事业，也就是“诛”业成就，以愤怒的力量，能够将障碍、魔障调伏，而不受其伤害。
另外莲师心咒的功德还有是：嗡啊吽：可消除佛教之僧人、苯教外道修行人所带来的诽谤及诅咒等障碍。他们透过一些宗教仪式下诅咒会为我们带来病痛、名声受损等、或是有意的无因诽谤我们的名声，虽然我们没有做恶事如放火杀人等，却被恶意诽谤成是我们所做等障碍。特别是我们常听说被什么什么诅咒，被什么下蛊，民间也有这样的法术，将人的照片或生辰、年龄、姓名拿去作法后，会对这人的身心带来痛苦。又如西藏热贡地区，有许多咒师，如果你侵犯到他们，他们会来诅咒报复，能让人受到许多痛苦。嗡啊吽能对治去除这些外门咒法、邪法的障碍。班杂：能够避免属于“智慧本尊”眷属之法力伤害，“智慧的本尊”本身不会对众生造成任何的伤害，但本尊有很多眷属，其中有一些眷属是世间神，他们就会因为人本身所造恶业而被激怒，而带来灾难。咕噜：能对治消除天龙八部众的灾难，八部众是指天、非天、龙、非人、地祗、夜叉、食香、虚空（指大鹏金翅岛等天龙八部众）。贝玛：消除避免世间鬼怪的障碍伤害。世间鬼当中，分为活鬼、死鬼，死鬼就是常常听到有人说看到的鬼，就是死去的人变成的鬼。悉地：能消除龙、地祗所带来的障碍灾害。龙又可分为八大种，其下又可分为无数种类。当人们破坏大海、伤害鱼类青蛙、破坏水源时，就会激怒龙，带来水灾、干旱。至于地祗则是像土地公、大腹等众生，其带来种种的灾难，念到悉地时，就可对治避免。吽：能对治避免受到人、天、鬼等众生的伤害。人与人之间带来的伤害，天界带来天神的伤害，鬼带来的伤害，都能够消除。
嗡啊吽 能获得诸佛菩萨身、口、意加持。嗡：能获得诸佛菩萨身的加持。啊：能获得诸佛菩萨语的加持。吽：能获得诸佛菩萨意的加持。班杂：能获得所有寂静及愤怒本尊的加持。文武百尊中有42尊寂静尊，58愤怒尊，如阿弥陀佛、观音菩萨等是属寂静尊，八大嘿噜嘎等属愤怒本尊。。咕噜：能获得一切持明上师的加持，持明的意义是能认知一切法的本性，或者说是了悟心性的明觉修行者称为持明上师。贝玛：能获得空行及护法的加持。空行分为俱生、剎土生、密生的空行。对一切法的法性能够如实地了悟者，称之为俱生空行；生于、住于二十四空行净土者，称为剎土生空行；对密法（不管是升起次第或圆满次第）的修持获得成就的瑜伽母，称为密生空行。护法是护持殊胜佛法的神，又分世间的护法与出世间的护法等等。悉地：能获得共与不共的所有成就，也就是共成就与胜成就，不共成就能让我们获得诸佛菩萨果位，共成就能让我们财富受用、褔报增长。吽：能让我们所愿皆成，亦即任何一个人当有如法的、与佛法没有违背的、符合善法的所有心愿时皆能达成。不符善法的、恶念的心愿是不能达成的。
嗡啊吽：能成就本初净土（法身净土）果位。班杂：令我们往生东方妙喜剎土。咕噜：令我们往生南方俱吉祥净土。贝玛：令我们往生西方大乐净土。悉地：令我们往生北方诸事业圆满净土。吽：令我们往生中央不动净土、大日如来佛净土。以上讲到的净土也可以依照显密五方佛的净土来引用。
嗡啊吽：可以让我们获得身口意的持明果。嗡：可以让我们获得身的持明果。啊：可以让我们获得语的持明果。吽：可以让我们获得意的持明果。班杂：可以让我们获得入地的持明果。咕噜：可以让我们获得异熟(果报)持明果。所谓异熟要结合三道(见道、修行道、无学道)来讲解，己经到达见道，其心虽然己经了悟法性，到达见地（入了见地），但是身体尚未完全成熟为本尊的身，尚保留有漏身，称之为异熟持明果。虽然心己经成熟到达见道，但是身尚未成熟，因为这样不净的缘故，身体仍然会有疼痛、疾病。贝玛：可以让我们获得寿自在的持明果。得到寿自在持明果时，除了心已了悟法性之外，身体也已成熟，转为虹光身，对生死寿命都能自在自主。异熟持明果及寿自在持明果二者皆属于见道的部份。悉地：可以让我们获得大手印持明果。大手印持明果主要在指修道，修道时自己的身心观修任何一个本尊，都能转变成为这个本尊。所行的事业与佛的事业类似，但是尚未完全获得佛的果位、未完全成佛。吽：能获得任运持明果。
总之在成佛之前，所有的十地、五道的法门，都包含在莲师心咒当中。莲师形容咒语的功德，如果这功德有一个体相、形状可以看见，那么念诵一遍莲师心咒的功德，将一个世间作为容器，要把这功德放进去是放不下的。任何一个众生自己能看见、遇到、听闻、忆念想起莲师心咒，就能进入莲师眷众或获得空行果位、持明果位。如果自己有听闻、接触、想起莲师心咒，那就不必怀疑自己以后必然往生空行剎土或获得持明果位。如果依莲师的教法，如礼如实地修持了，未获得以上所说的成就、果位，莲师说那就是莲师欺骗了众生，但这是不可能的，所以这无需怀疑。如实修持心咒后，不可能不获得以上成就、果位的。
但对莲师不具信心、持有邪见者，是不可以宣说，也不可以将法托付给他们，对他们要保密，因为他们不了解法义的话，会起邪见、会诽谤，而使他们造恶业。如果你自身没有能力如法的修持，可以将法悬挂于法幢，或悬挂于山顶，让风吹动，风所吹到的地方，所接触到的众生都能够解脱。或者将莲师心咒刻印在石头上，堆放在路边，能让见到的众生都能清净业障，使他们都能够解脱。或者用金粉将心咒书写在蓝色纸上，携带在身上就能避免遭到鬼怪所造成的伤害。这样的陀罗尼咒轮，书写在纸上后，携带在自己身上，生前不要离身，死后跟尸体一起烧掉，那么尸体会化为彩虹，或者出现彩虹，使自己可以往生极乐世界。
当有种种疾病、饥荒、事业不顺、财富不增，为了避免及逆转这些情形，念诵莲师心咒也会有很大帮助。持诵莲师心咒，有些人在此生就会得到成就，有些人在来世或中阴身时获得成就，只要持诵莲师心咒，不管是在此生、来生、或中阴身时就能获得成就，这是完全不需要怀疑的。修持莲师心咒的人，其中属上等根器者，将可亲见莲花生大士；中等根器者，在禅定中可觉受莲师；下等根器者，全心念诵莲师心咒者，会在睡梦中见到莲师。每天作为功课，持诵莲师心咒108遍不间断者，会变得受到其它众生喜爱、以及自己财富受用具足；如果能够念诵十万遍、百万遍、千万遍者，其威严能够摄受三界，能够使神鬼、夜叉作为自己的使者、眷属般使唤，能够摄受三界众生，能够利益他们。如果念诵超过三千万遍，甚至到一亿遍者、或更多，能不离三世诸佛，与三世诸佛无别，能够摄受人天、天龙八部、夜叉、神鬼，能够召唤他们去行使息、增、怀、诛任何事业，并且皆能任运圆满；以这样修持莲师心咒的话，上等修行者，此生会有成就虹光身的可能，中等修行者，会在临终时，使光明的母子溶合(此光明即法尔光明、自性光明，每个人在中阴身都会见到，若能在一剎那间了解此光明，即能如子投入母亲怀抱般，无明消除，证悟本来清净的自性)，然后在中阴时看见莲师而成就，即使是下等修行者，也能够在中阴时看见莲师，然后往生莲师的法报化三身之铜色山净土中，并可以利益无边的众生。
